Το EUS αποτελεί μια εξειδικευμένη ενδοσκοπική διαδικασία όπου ένας μακρύς, λεπτός, εύκαμπτος ανιχνευτής υπερήχων τοποθετείται στο στόμα και προωθείται στο δωδεκαδάκτυλο ή στην αρχή του λεπτού εντέρου. Μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για την αξιολόγηση ανωμαλιών του κάτω γαστρεντερικού σωλήνα μέσω του ορθού.
Μέσω του EUS εξετάζονται τυχόν ανωμαλίες και μπορεί να ληφθεί δείγμα βιοψίας από το τοίχωμα του εντέρου ή από άλλα όργανα όπως το πάγκρεας, το χολικό σύστημα και το στήθος. Το EUS χρησιμοποιείται συχνά για τη διάγνωση του καρκίνου. Το EUS πρέπει να εκτελείται από ειδικά εκπαιδευμένο γαστρεντερολόγο.